手足口病与疱疹性咽峡炎都可以表现为口腔有黏膜疹，也可以都有发热、咽痛、流口水等症状。但是手足口病属于一种急性传染病，疱疹性咽峡炎是属于一种特殊类型的上感。通常情况下，最主要的鉴别点是在于手足口病除了口腔黏膜疹以外，手、足及臀部也可以见疱疹或者是玫瑰色的斑丘疹，皮疹就能和疱疹性咽峡炎相区别。另外，疱疹性咽峡炎可以表现为高热，手足口病高热的很少见，因为大多数手足口病的症状比较轻微。如果持续高热不退的手足口病，同时病程超过4天，3岁以下的幼儿，有可能是合并重症手足口病，此时需要进一步去面诊。
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