卵巢早衰诊断依赖于卵巢体积和激素水平变化。促性腺激素水平≥40IU/L，且AMS极低，可诊断早衰。有些卵巢体积小患者，可能并非早衰。若患者有垂体性疾病，低促性腺激素血症，因为垂体萎缩、损伤，各种原因导致垂体疾病使卵巢长期处于无上级管理状态，一般会出现萎缩状态，体积较小。卵巢早衰相似，需要借助激素、其它病史进行鉴别。
子宫内膜异位症，使用GISA药物治疗，卵巢会处于抑制状态。在长期无排卵情况下，卵巢也处于体积较小状态，需与卵巢功能衰竭鉴别。由于计划生育和多囊卵巢综合征，部分患者子宫内膜异位症，卵巢长期不排卵，也处于体积相对较小状态，所以不能单纯根据卵巢超声提示大小决定是否卵巢功能衰竭。
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