婴幼儿期的肛瘘，因为婴幼儿肛周肌肉的发育并不是特别完善，因此如果要是行肛瘘的手术，有的时候效果并不是特别好，因此大部分的肛瘘，新生儿期是先建议保守疗法。如果没有全身的发热，这些症状可以给予局部的抗生素的药膏外敷以及温水坐浴，而且要保持大便通畅和局部的干燥、清洁。因为婴幼儿的皮肤较软，在尿布的选择上一定要选择比较柔软、透气性好，不要引起刮伤的尿布，炎症可以暂时消退，瘘口可以暂时闭合。但是一部分的肛瘘如果没有完全闭合，它有可能会形成慢性的肛瘘，就是局部的反复的红肿，肛管时愈时破，也会间歇性流脓，这些需要手术治疗。
