新生儿败血症都是由细菌引起的，所以相应的治疗，首要是应用敏感有效的抗生素。在细菌培养加药敏实验的结果没有出来之前，可以经验性的选择一些抗生素进行治疗，这样的抗生素必须是对新生儿无害的，所以大多是选择头孢菌素类的抗生素或者是青霉素类的抗生素，这些抗生素如果出现过敏，还需要选择一些其他类别的抗生素。新生儿的血培养或者其他体液的细菌培养结果如果出来了，可以根据相应的药敏实验结果判断哪种抗生素有效，从而可以更换抗生素。如果之前应用的抗生素有效，就继续应用。抗生素应用之后，败血症的相关表现都会恢复到正常，比如体温降到正常、血常规中的白细胞计数降到正常、C反应蛋白等炎性指标也降到正常。
