黏液表皮样癌属于恶性肿瘤，若无包膜或包膜不完整，与周围组织无明确界限，存在转移可能，但总体临床转移患者较少，因为大多数黏液表皮样癌都是高分化。若患者属于低度恶性肿瘤，较少发生淋巴结转移，远处血行转移更少见。
因此大部分患者预后较好。但临床也存在少部分患者，发现时已经是低分化黏液表皮样癌，生长较快，经常累及周围组织，淋巴结转移率较高，而且存在少部分患者出现血行转移即远端转移或远处转移，预后相对较差。
因此黏液表皮样癌病理分级对生物学行为影响较大，常将此类病理分级作为临床手术治疗参考。低分化黏液表皮样癌常需给患者进行选择性颈淋巴清扫术，是预防颈部转移较重要的方法。
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