脑脊索瘤是治不好的，因为脑脊索瘤具有难以完全切除、复发率高和能够转移等特征，因此表现出较高的恶性行为，通常平均生存期大约是6.3年左右。如果患者不进行任何治疗，寿命通常不会超过发现病变后2年。但是，通过合理、积极的治疗，可以提高患者的生存率，尤其对于手术之后的病人可以考虑进行质子束治疗，质子束治疗可以使肿瘤的放射剂量比常规的放射剂量增加15%-35%，局部控制率和存活率也会有所提高，5年局部控制率可以达到59%-73%。当肿瘤再发时重复放疗往往无效，反而会存在放射性损伤。总体而言，脊索瘤的治疗效果还不能令人满意。
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