母乳性黄疸的病因，目前为止尚没有完全研究清楚。目前的研究表明，具体如下：
第一、母乳性黄疸与部分母亲乳汁当中β葡糖醛酸糖苷酶水平较高有关系，这种酶可以通过肠道内葡萄糖醛酸跟胆红素分离，使肠道内未结合的胆红素含量明显增高，继而引起肠道对胆红素的重吸收增加，增加了肝脏处理胆红素的负担，从而导致孩子出现黄疸。
第二、还有研究认为母乳性黄疸与肝脏当中UGT酶的基因相关，认为肝脏处理胆红素的能力先天不足，才是导致孩子出现母乳性黄疸的主要原因。
