巧克力囊肿一旦发生不能自愈，到绝经期以后囊肿会变小，可能不再发展，但不能自愈。只要处于育龄期有月经的情况下，囊肿应该会逐渐发展。此时可以使用药物控制患者月经，或者让其处于一种绝经的状态，达到保守治疗的目的。
如果保守治疗失败，还应该选择手术治疗方法，手术治疗有多种，有单纯囊肿切除，还可以进行卵巢和输卵管病灶部位切除。由于子宫内膜是巧克力囊肿发生源泉，所以一种更加激进的治疗方法是同时切除子宫。手术方式的选择应该根据患者的要求、症状选择适当的方法。
没有生育要求的女性可以进行保守性手术，甚至切除子宫，切除子宫后复发率是大大下降的。对于有生育要求的患者，应该在保守性剔除卵巢巧克力囊肿之后，进行积极助孕治疗，包括试管婴儿、人工授精、促排卵，能够在巧克力囊肿复发之前，达到生育愿望。
