头孢克肟和头孢氨苄都属于β-内酰胺类的消炎药物，属于头孢类。但是头孢氨苄属于一代头孢类药物，头孢克肟属于三代头孢类药物。它俩的抗菌谱是有差别的，头孢氨苄主要针对是革兰氏阳性球菌，对于常见的表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌等球菌有很好的效果，对于革兰氏阴性杆菌是没有作用的。而头孢克肟除了对于革兰氏阳性球菌有作用，它还对革兰氏阴性杆菌有作用，比如常见的大肠埃希菌、奇异变形杆菌、流感嗜血杆菌等，它都有一定效果。再有，二者头孢氨苄属于一代，它对于肝肾的损伤副作用要大一些。头孢克肟属于三代，相对而言对于肝肾的损害是逐渐减小的，而且副作用比一代要小。临床上根据患者不同部位的感染，可以选取不同的药物进行治疗，这是头孢氨苄和头孢克肟的主要区别。
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