肥胖主要的病因在于能量代谢平衡的失调，也就是摄入的热量多于消耗的热量。肥胖具有明显的家族聚集性，但是目前肥胖的遗传机制尚不明确，极少数的肥胖是属于单基因突变导致的肥胖病，其中包括瘦素基因突变等等会导致肥胖。但是大多数人类的肥胖并不是单基因疾病，而是多基因肥胖病。
有一些遗传综合征也可以导致肥胖，比如普拉德-威利综合征。另外环境因素也可以导致肥胖，当进食的能量超过消耗所需的能量时就会使脂肪合成加快。因此如果在活动过少的情况下，同时又经常摄入过多的中性脂肪或者是糖类，就会出现肥胖。
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