耐药菌株是细菌对一种或多种抗生素产生耐受性，本身可以抵抗细菌的抗生素药效减低或者失效，耐药菌株的产生给临床上的治疗带来一定的难度，尤其是耐多药或广泛耐药者。耐药菌株的产生是细菌和抗生素长期斗争的结果，细菌对药物产生适应或者是基因发生突变。
一旦细菌产生耐药性，一方面可以通过遗传基因传给下一代，另一方面也可直接传给敏感菌，使敏感菌不断发展成为耐药菌。因此，在临床上使用抗生素必须严格掌握指征，避免滥用，病毒性感染一般不需要使用抗生素，细菌感染才需使用，能够使用单种抗生素控制者则不要联合用药，可以使用窄谱抗生素者不要使用广谱抗生素。
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