甲硝唑在治疗痔疮的过程中可能不会起到直接的治愈作用，但是在治疗痔疮时可以起到辅助作用。比如在预防痔疮感染、痔疮破溃后预防创面感染或者痔疮手术后预防刀口感染，可以起到有效的临床辅助治疗效果。尤其是痔疮较大，黏膜薄弱，肠道内的细菌很容易通过肠道黏膜屏障的作用导致细菌移位，引起痔疮感染，这时口服甲硝唑片对控制症状，避免痔疮加重有重要作用。在痔疮早期没有任何临床症状，口服大量甲硝唑片导致肠道内厌氧菌减少，可能会引起肠道菌群失调，诱发肠道疾病导致便秘或者腹泻，从而间接加重痔疮。
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