输精管疏通手术的费用与手术方式选择有关。普通的输精管端端吻合手术，费用大约6000元左右。而显微镜下输精管疏通手术费用就比较贵，可能需要1-2万元不等。显微镜下手术主要是使吻合口更加通畅，不容易导致吻合口出现狭窄，使疏通的成功率更高，这种手术在很多大型医院才会开展。很多人是因为通过普通的手术方式效果不好，才再次使用显微镜手术，这种手术方式避免再次狭窄的风险性，也可以行输精管附睾吻合手术，成功率会更高。
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