霉菌性鼻窦炎分为非侵袭性和侵袭性，治疗的方法是不相同的。对于非侵袭性的，需要在鼻内镜下手术，彻底的清除患病窦腔内的真菌球和真菌碎片、不可逆的病变组织，建立鼻窦宽畅的永久性引流，保留鼻窦内正常的黏膜和骨壁。手术后以糖皮质激素类的鼻喷剂为主，主要是为了减轻局部的炎症反应、黏膜水肿，避免息肉形成，降低术后的复发率。对于侵袭性的真菌性鼻窦炎，手术范围应该更广泛些，要彻底的清除鼻腔和鼻窦内的病变组织，甚至一些鼻窦的黏膜和骨壁。手术后需要全身应用抗真菌药物，病情特别严重的，需要通过静脉途径用药。术后应用抗真菌药物冲洗鼻腔，能够控制复发。对于侵袭性的真菌性鼻窦炎，特别是急性感染期，可能会因为病变的严重而危及生命。
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