益生元服用时间没有特殊要求，在饭前服用会有更好的效果，一般要求每天服用1-2次。
益生元不是药物，是一种保健品。益生元主要是一些不被消化的低聚糖，比如低聚果糖、低聚半乳糖、木糖和低聚异麦芽糖、大豆、低聚糖等。它们虽然不能被人体所吸收，但是可以刺激肠道中的有益菌群，促进有益菌群生长，从而保持肠道菌群的稳定，预防外来菌群导致肠道菌群紊乱，引起腹泻。益生元一般要求每天服用1-2次，服用时间上没有特殊要求，空腹服用，其与肠道菌群的接触更加充分，所以建议在饭前服用，发挥的作用会更好。
益生元能被肠道内的有益菌分解吸收，促进有益菌生长繁殖，增强有益菌活性。所以可以减轻便秘，降低肠道pH值，调节肠道菌群平衡，还能降低血脂、增强免疫力，并预防肠道癌症。
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