月经干净后腰疼、小腹疼可能原因有以下几种：
一、经期综合征所致，尤其经期过劳、受凉、精神受刺激等容易引起，可去医院彩超检查排除子宫腺肌症、附件巧克力囊肿引起。
二、月经期盆腔会伴随充血状态，月经刚刚干净不可能一下子充血恢复，有的女性可能出现小腹疼、腰痛这种牵扯性疼痛，一般休息后能缓解不用处理。
三、如果疼痛伴有白带异常、外阴瘙痒或灼痛，考虑盆腔炎、阴道炎引起，去医院检查确诊后行抗炎、对症治疗，同时注意个人卫生。
四、如果是月经干净后一周左右出现腰痛、小腹疼，能忍受，而且伴有鸡蛋清样白带，考虑是排卵痛，休息后能缓解。
五、如果疼痛同时伴有阴道的褐色分泌物，考虑可能是宫内节育器、子宫内膜息肉、子宫内膜脱落不净有关，需要去医院进一步检查确诊。
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