眼结膜炎的治疗方法分为局部治疗及全身治疗，局部治疗：
1、冲洗结膜囊，其作用主要是清洁，常用生理盐水、2%-3%硼酸溶液和升汞溶液。
2、不要遮盖患眼，因结膜炎时分泌物较多，如果遮盖患眼，分泌物则不易排出，容易积存于结膜囊内，而遮盖后会使结膜囊温度升高，有利于细菌的繁殖，使结膜炎加剧。
3、局部用药，抗菌药物和抗病毒药物滴眼，根据病原学的诊断选择相应药物治疗，滴眼时要翻转眼睑将滴眼液滴于结膜上，滴眼后稍停留片刻，即用生理盐水冲洗或用棉签蘸少量药液涂于结膜囊表面，随即用生理盐水冲洗。全身治疗：对于严重的结膜炎，如淋球菌性结膜炎、沙眼等，需结合全身用药治疗。
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