先天性流产也就是胚胎在三个月以内，由于自身发育不好引起不可避免的流产。引起先天性流产的因素比较多，最常见的就是孕妇在怀孕期间，由于受病毒感染或接受射线的辐射等因素，引起胚胎发育不良导致流产；有些女性在怀孕早期，由于出现比较严重的妊娠反应出现剧烈的恶心、呕吐，引起饮食量减少甚至不能进食，会出现身体营养不良导致胚胎发育不好出现流产；另外如果孕妇本身身体不好，比如患有贫血、高血压、糖尿病或比较严重的心脏病等情况，怀孕以后也容易对胚胎的发育产生影响，如果出现胎盘营养供应不良，导致胚胎发育不好就会出现流产；有些是由于夫妻双方染色体有问题也容易导致先天流产。
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