肺炎支原体主要是引起呼吸系统的感染，从而形成支原体肺炎。此时患者可以出现阵发性、刺激性的咳嗽，以夜间明显，可以咳少量的白黏痰，或少许黏液脓性痰，有时因为咳嗽剧烈，还可以出现少许痰中带血的现象。对于部分重症的患者，可以出现胸闷、气促甚至是呼吸困难。患者还可以出现不同程度的发热，但多为低到中度的发热。另外，还可以伴有不同程度的全身症状，例如咽痛、头痛、发热、乏力、肌肉酸痛和食欲减退等。部分支原体肺炎还可引起其他系统或器官的损害，例如出现皮肤的斑丘疹、结节性红斑，胃肠道受累可以出现呕吐、腹泻，甚至是肝功能的损害；血液系统受累时可以继发性的出现溶血性贫血；影响中枢神经系统可以导致多发性神经炎、脑膜炎；心血管系统受累可以导致心肌炎的形成。
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