慢性结肠炎是指乙状结肠炎症，乙状结肠处于结肠末端紧邻直肠，因此发生炎症可以采用局部治疗。根据病因如果属于溃疡性结肠炎，可采用美沙拉秦灌肠液治疗，还可以加用美沙拉秦口服或使用柳氮磺吡啶。目前常用美沙拉秦，和柳氮磺吡啶是同类药物，都属于氨基水杨酸类。美沙拉秦价格昂贵，副作用较少。柳氮磺吡啶价格便宜，但副作用较多。
局部治疗可以采用激素以及中药灌肠，如果局部配合口服氨基水杨酸类治疗效果不佳，需要激素类口服或静滴。效果还是较差需要使用免疫抑制剂，例如硫唑嘌呤或6-巯基嘌呤，或使用生物制剂如英夫利昔单抗等，病情缓解后需要维持治疗。
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