肺炎衣原体检测分为两大类，一类是对于病原学检测，还有一类是做血清学检测。
病原学检测分为两种，一种就是肺炎衣原体培养，还有一种是肺炎衣原体核酸检测。虽然肺炎衣原体培养是金标准，但是由于肺炎衣原体不能体外培养，需要在呼吸道来源的细胞系中集中培养，操作较繁琐，一般仅用于科学研究。随着检测技术发展，又开发了检测肺炎衣原体核酸的检查，通过对核酸检测来判定肺炎支原体存在。
以上两种方法就对病原的检测，除了对病原检测之外，还可以做血清学检测，血清学检测检测的是血清中特异性肺炎支原体抗体，因为人体在被肺炎支原体感染后，会产生特异性抗体，特异性抗体包括了IgM抗体和IgG抗体，通过对肺炎支原体特异性抗体检测，确定肺炎支原体感染。
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