高血压本身也会引起心室肥厚，但是高血压引起的心室肥厚是室间隔与左室后壁对称性肥厚，而肥厚梗阻心肌病是室间隔与左室后壁非对称性肥厚。
高血压伴有肥厚型心肌病，药物治疗主要以缓解症状为主，除常规使用降压药物控制血压外，还需使用其它药物，如β受体阻滞剂和非二氢吡啶类钙通道阻滞剂，β受体阻滞剂主要是控制心室率、降低心肌收缩力、降低心肌耗氧，从而减少心率，减轻流出道梗阻，非二氢吡啶类钙通道阻滞剂可以降低心率、降低心肌耗氧量，也可以降低心肌收缩力，从而改善舒张功能。
除β受体阻滞剂与非二氢吡啶类钙通道阻滞剂外，高血压伴有肥厚型心肌病患者也进行室间隔化学消融治疗。
