环孢素的副作用比较多，常见的在代谢和营养失调方面，比较常见的是厌食症、高尿酸血症、高钾血症、低血镁，比较常见的还有高脂血症。在神经系统功能障碍方面，常见的是震颤，头痛包括偏疼痛，感觉异常，少见运动多发性神经病变。
在心血管疾病方面常见的有高血压、心绞痛，少见有心肌梗死。在胃肠道病变方面，常见的有恶心、呕吐、腹痛、腹泻，少见的有胰腺炎。在肝胆病变方面常见的有肝功能异常，在皮肤及皮下组织病变方面，常见有多毛症。在肌肉骨骼系统方面，常见的有肌肉抽搐、肌痛、关节痛、骨折、关节脱臼等，其他常见的有肾功能障碍、易疲劳等。
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