盐酸埃克替尼的副作用绝大多数是比较轻微的副作用，最常见在主要有皮疹、腹泻以及转氨酶的升高。这些副作用出现在服药后的1-3周之内，通常都是可逆的。1-3周之后这些副作用往往可以自行消失，不需要特殊处理。但是如果出现比较严重的副反应，需要对症治疗。如果皮疹严重，可以涂抹尿素软膏。转氨酶升高明显需要保肝降转氨酶治疗，如果腹泻比较严重，甚至需要静脉补液以及服用止泻药物的，埃克替尼也需要减量。如果减量之后副作用仍然比较严重，就需要考虑停药。
