肛门瘙痒原因大致上可以分为疾病因素、过敏反应、精神因素三类，疾病因素，如痔疮的痔核在肛门处产生分泌物，以及肛窦炎、肛瘘等，导致直肠肛管内渗出粪便和黏液，反复刺激到肛门周围皮肤，出现瘙痒或者形成肛周湿疹，出现更为长期和剧烈的瘙痒症状。过敏反应、过敏体质者在食用过敏食物，接触过敏原时，出现应激性反应，从而导致的肛门部位瘙痒。精神性因素如暂时性的忧郁、兴奋、神经衰弱、惊恐等，都可能造成局部出现短期瘙痒，甚至部分幻想症患者，也会有肛门部位长期瘙痒的感觉。部分寄生虫感染患者，由于寄生虫在肛周部位活动，也会出现非常明显的肛门瘙痒。
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