口腔扁平苔藓的病因目前并不是很清楚，绝大多数人认为与以下因素有关：
一、精神神经因素，得口腔扁平苔藓的病人往往有精神创伤史，在生活上有不良事件，比如离婚、被解雇，或者跟恋人分手、考试成绩下降，或者考试失败，这些都可以影响病人的情绪，引起悲伤、抑郁，可以引起免疫功能的下降，引起扁平苔藓。
二、内分泌因素，目前有些人发现口腔扁平苔藓与月经期、绝经期雌激素下降有关。有的人发现在妊娠期或者是哺乳期，雌激素会明显升高，扁平苔藓的病损会有一定程度的缓解。
三、免疫因素，有些人认为口腔扁平苔藓是T细胞介导的免疫反应性的疾病，所以可以应用激素来调节免疫力。
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