静脉窦本身是人体正常的结构，是指在颅内的静脉腔隙，但这种情况本身是正常的生理结构，不会有危害。但静脉窦血栓可以造成人体的危害，甚至是生命危险。一旦形成血栓，会导致脑部的回流障碍，出现头部，尤其是颅内的水肿，导致头痛以及出现失语、偏瘫等神经系统症状、其他高颅压的症状。这种情况应尽早进行抗凝治疗，以尽量使血栓复通，减少远期的并发症。但在治疗的过程中如果出现头部剧烈疼痛等高颅压症状，可以使用甘露醇或高张盐进行降颅压。如果即将出现脑疝，则需要在脑外科进行去骨瓣手术，以避免由于脑疝引起嵌顿，导致病人死亡。
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