目前为止还没有核磁共振对人体有危害的报道，核磁共振检查利用的是外加磁场对人体各部位进行检查。所以对人体没有辐射，相对于X线和CT，它是比较安全的一种检查方法。虽然对人体有一定的生物效应，但通常这种效应都比较小，对人体也没有明显的伤害。只是有一部分患者在做核磁共振检查时，会受不了比较大的噪音，会出现耳部的不适，这部分患者可以在检查前用特制的耳塞来预防。还有一部分患者由于检查时仪器的空间比较密闭，容易出现恐惧的心理，特别是一些幽闭恐惧症的患者，是不能够做此项检查的。
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