第二代头孢菌素类药物对于革兰阳性菌的作用会比第一代头孢菌素类药物较差，但是对革兰阴性菌的作用明显增强。第三代头孢菌素类药物对于革兰阴性菌和厌氧菌的效果比第二代更好，但是对革兰阳性菌的效果不如第二代好，而且它对于β-内酰胺酶的稳定性也比第二代头孢菌素类药物更强，第三代头孢菌素类药物对于肾脏基本没有毒性。
第二头孢菌素药物包括头孢呋辛、头孢替安、头孢西丁等，而第三代头孢菌素类药物包括头孢米诺、头孢哌酮、头孢曲松、头孢噻肟等药物。第二代头孢菌素类药物可以用于呼吸道、泌尿生殖系统以及胆囊、胆道感染，第三代头孢菌素类药物可以用于泌尿生殖系统、肺部以及铜绿假单胞菌感染等较严重的感染，败血症患者也可以选用第三代头孢菌素类的药物治疗。
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