女性长了巧克力囊肿，它的治疗方案是因人而异的。对于没有生育过的女性，有生育要求，长了巧克力囊肿，如果囊肿在5cm以下，没有任何不舒服，可以随访观察。在随访过程当中建议最好在短期内怀孕、妊娠，来解决生育问题。如果因为长了巧克力囊肿导致了不孕症，或者囊肿已经长到直径在5cm以上，应该考虑做腹腔镜下保留卵巢功能的囊肿剔除手术。
如果是已经生过孩子，没有生育要求的女性，囊肿已经长到5cm以上，要考虑做保留卵巢功能的囊肿剔除手术。做完手术以后应该上曼月乐环来控制月经的来潮，防止巧克力囊肿复发。假如是更年期的女性有巧克力囊肿，囊肿在5cm以上，应该考虑做附件切除手术。因此有巧克力囊肿的女性，根据年龄不同、有没有生育要求，治疗方案是不尽相同的。
