细菌性阴道炎的治疗方法，主要是要选用抗厌氧菌的药物，主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素。
甲硝唑可以抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌的生长，是较为理想的治疗药物，但对支原体的效果比较差。
另外，可以选择口服甲硝唑片，选择局部的药物，指甲硝唑栓剂，或者用克林霉素软膏阴道涂抹。
同时需要进行性伴侣的治疗，本病与多个性伴侣有关，对于性伴侣的治疗，如果没有改善，需要降低其复发率。
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