子宫内膜薄的原因可以分为全身因素和局部因素。全身因素有内分泌激素失调，如雌激素水平降低、孕激素不足、排卵功能障碍、生长激素的缺乏。局部因素包括子宫内膜损伤、子宫内膜粘连、子宫内膜的缺如。内分泌失调是最常见的类型，内分泌严重失调会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性发生变化紊乱，导致子宫内膜变薄。在曾经人流的过程当中，使子宫内膜基底层受到损伤，再生功能下降，或者无法再生，会造成子宫内膜过薄。还有就是子宫发育的畸形，它也是子宫内膜薄的一个原因，但是长期以来一直被人们所忽略，有的患者的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种先天性畸造成的子宫内膜薄，一般在临床上是很难治疗的。
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