腰椎穿刺术的适应症主要是疾病的诊断，当原因不清楚，高度怀疑某些疾病又缺乏证据的时候，可以进行腰椎穿刺，行脑脊液检查。当患者存在大脑内的感染需要椎管内注射，或者椎管内肿瘤需要化疗的时候，可以通过腰穿途径给予药物。
它的禁忌症主要是处于急性感染期，或者怀疑椎管内存在血液方面的问题禁忌穿刺的时候。患者不能耐受，局部存在皮肤炎或者是感染病灶的时候不能穿刺。临床上腰椎穿刺是常规的术式安全而且有效，不应因为腰部的穿刺会伤到脊髓的可能性而拒绝，容易造成患者治疗上的延迟。
