根管治疗会偶有发生疼痛称为诊间痛，仅在治疗当天或者之后1-2天隐隐有不适感，如果疼痛剧烈需要及时就诊治疗，根管治疗需多次进行开髓、根管预备、根管充填。根管的分布与走向远比临床影像片显示的复杂，根管的形态也呈多样性，目前的根管治疗技术很难将根管内感染物全部清除，临床上根管清创的目标是控制感染残留量在阈值以下，以尽可能减少因感染残留导致的诊间疼痛。每一次治疗都会有1-2天的不适感，但是不会发生剧烈的疼痛，如果发生剧烈的疼痛，有可能是因为牙髓再次感染或根管内压力过大导致，要及时就诊来解除压力并重新冲洗上药即可。
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