乙型肝炎和丙型肝炎比较，如果都不给予抗病毒治疗，丙型肝炎发展成肝硬化和肝癌的比例，要远远高于乙型肝炎。如果乙型肝炎和丙型肝炎同时都给予抗病毒治疗，乙型肝炎抗病毒效果会更好，乙型肝炎抗病毒治疗的疗程短、疗效高。
乙型肝炎目前抗病毒治疗，大多数只能将病毒抑制到最低检测值下限，但是很难将病毒完全从体内清除。乙型肝炎目前抗病毒药物，主要是干扰素、恩替卡韦、替诺福韦，这些药物都需要长期应用，长期用药的过程当中，就会出现耐药风险以及毒副反应。丙型肝炎抗病毒治疗时，疗程短，只需要2-3个月的时间，病毒阴转率可以达到99%以上，所以丙型肝炎比乙型肝炎更好治。
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