磷霉素氨丁三醇属于抗生素类药物，常规使用不良反应相对较少，主要表现为胃肠道反应，如腹泻、软便、恶心等，偶见皮疹等过敏反应，停药后症状可以消失。对此药过敏者是禁止使用的，此药口服吸收良好，在肝肾浓度较高，肝病患者需要慎用，使用较大剂量时应监测肝功能。
磷霉素氨丁三醇属于处方药，必须在医生指导下使用，不得擅自更改服药剂量和服药疗程，超量服药会增加不良反应发生的频率和程度，严重者会引起细菌耐药，使药物无法发挥原有的作用，给以后的治疗造成麻烦。此药会与其它药物发生相互作用，如正在使用其他药物，请告知主治医生。
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