远端肾小管酸中毒的机制主要是由于远端肾小管酸化功能障碍所致，特征性表现是肾小管的管腔液与管周液之间，无法形成高氢离子的梯度，在全身酸血症的情况下，不能最大限度地降低尿液的PH值到5.5以下。肾小管细胞的氢泵功能衰竭和分泌缺陷酸化功能障碍，可见于冷球蛋白血症、干燥综合征、甲状腺炎、肺纤维化、系统性红斑狼疮、原发性胆汁性肝硬化等。还可见于相应的遗传性疾病，比如镰刀细胞性贫血、马凡氏综合征等。家族性或者原发性的甲旁亢导致的肾钙化功能障碍，也是引起肾小管远端酸中毒的可能原因。
