艾滋病毒可以侵犯多个系统，比如艾滋病毒既嗜淋巴细胞，又嗜神经细胞，主要感染CD4阳性T细胞以及单核吞噬细胞、B淋巴细胞、小神经胶质细胞和骨髓干细胞等。在艾滋病毒的作用下CD4阳性T细胞等大量破坏，导致并发严重的机会性感染和肿瘤。它杀伤靶细胞的时候，可以整合于宿主的染色体，潜伏2-10余年。CD4阳性T细胞受损，数目直接下降，但是CD8阳性T细胞在急性期减少，3-4周后恢复到正常或者更高水平，表示抗HIV细胞毒性淋巴细胞增加，这对机体并不是一件好事。因为表示机体对T细胞自身稳定功能失调，这样病理损伤就会逐渐出现。
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