PET-CT在肿瘤成像方面应用比较广泛，主要用于头颈部的肿瘤，比如鼻咽癌、甲状腺癌。还有肺部肿瘤，比如肺癌，乳腺癌，消化系统肿瘤，比如食管癌、胃癌、肝癌、胰腺癌、结肠癌、直肠癌，也可用于淋巴瘤。还有女性盆腔器官肿瘤，比如宫颈癌、子宫内膜癌、卵巢癌。
此外，还经常用于脑肿瘤的诊断，睾丸肿瘤以及黑色素瘤有的时候也可以用到PET-CT检查。PET-CT的图像可以全面观察病变的影像学特征，揭示病变内在实质，所以是一种比较全面的检查方式。
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