长期服用避孕药可能会对身体有一定的不良影响，主要表现为对机体的代谢影响，长期应用，会对糖代谢的影响，与避孕药中雌孕激素的成分以及剂量有关系，部分使用者对胰岛功能有一定的影响，出现糖耐量异常，但没有糖尿病的征象，停药后可恢复正常。
对脂代谢的影响，认为雌激素使低密度脂蛋白降低，高密度脂蛋白升高，也可使甘油三酯升高，而孕激素对抗甘油三酯升高，但高密度脂蛋白降低，高密度脂蛋白增高，对心脏血管的保护作用，可防止动脉的硬化，低密度脂蛋白增高，可使动脉硬化对心血管不利，因此对心血管疾病存在潜在风险的女性不宜长期使用，对心血管有一定的影响，增加注中心肌梗死的发病几率，可使凝血因子升高，大剂量的雌激素，可发生血栓性的疾病，低剂量的激素并不增加血栓性疾病的发病率，对肿瘤可以保护子宫内膜，降低卵巢癌的发病风险。
