短期避孕药的避孕机理，在临床上主要是通过服药能够使卵巢的自然排卵被抑制，没有排卵的情况下精子和卵子就没有办法结合，所以就不会怀孕，这是避孕的第一个机理。
口服了短效避孕药之后，由于这种药物是雌激素和孕激素的合剂，所以服用之后会使子宫内膜变薄。受精卵如果要着床，就需要子宫内膜有一定的厚度，在过薄的子宫内膜上受精卵不会造床，所以也会达到相应的避孕目的。但是不是所有的人服用短效避孕药都会达到100%的避孕目的，个别人个体差异不一样，虽然按时吃了短效避孕药，有可能也会怀孕。
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