新生儿腰椎穿刺主要是用来诊断新生儿是否有颅内感染，在新生儿期由于神经系统的发育相对不成熟，血-脑屏障功能不完善，所以在新生儿感染的时候很容易导致颅内感染。颅内感染确诊的方法主要就是采用腰穿，腰穿在诊疗操作中属于一种常规的操作，但是必须由专科医生进行，而且技术比较熟练。
因为新生儿的脊髓随着年龄而增长，在胎儿期也就是新生儿刚出生之后脊髓在第二腰椎下缘，在四岁的时候才上移到第一腰椎，所以在进行腰椎穿刺时候应该注意，不能在3-4椎间隙进行操作，要在4-5椎间隙进行做腰穿，以避免脊髓的损伤。
