跑步的时候造成腹痛主要是两方面原因，一个是肌肉的缺氧，另一个是肠系膜动静脉缺血而出现的缺血性疼痛，但是是生理性的，停止运动后或者是习惯了运动强度、经常锻炼的人，都会避免或者很快的就缓解。人体内使交感神经兴奋而控制胃肠道运动的主要是迷走神经，所以运动使胃肠道活动不规律或者受到抑制，所以不建议饱餐后运动，这也是原因之一。此时由于胃肠道内血流供应会受到相应的抑制，而血液主要是供应骨骼肌，所以会出现轻微的缺血性疼痛。还可能是跑步岔气造成的急性腹部疼痛，主要是由于剧烈运动导致乳酸堆积，可以停止运动后做深呼吸，以及拉伸运动得到缓解。
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