因为引起慢性萎缩性胃窦炎的主要原因是由于幽门螺杆菌感染所致，所以在药物治疗上主要是给予根除幽门螺杆菌治疗，主要是含有铋剂的四联疗法，其中包括两种抗生素，如阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、呋喃坦啶等，但是在选择抗生素时需要通过专业医师选择。还包括铋剂、胃黏膜保护剂，如胶体果胶铋、枸橼酸铋钾等。还有质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑以及泮托拉唑等。在生活方式、饮食方面应当注意易消化饮食，戒烟酒以及按时作息等。可以对症治疗，如果伴有胃胀、打嗝等症状可给予改善胃动力药物，如多潘立酮、莫沙必利等。
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