益生菌能用于治疗肠炎，大多数的慢性肠炎以及急性肠炎，均是由于肠道菌群失调引起的，益生菌能够起到调节肠道菌群紊乱的作用，所以可以使用益生菌治疗肠炎。如常说的饮食不当引起的急性肠炎，患者会出现腹痛、腹泻，那是因为肠道菌群失调引起，所以口服益生菌治疗可以补充有益细菌，抑制有害细菌的繁殖，可以减少有害细菌对肠道黏膜的攻击，所以有利于肠炎的修复。常用的益生菌有酪酸梭菌活菌片、枯草杆菌活菌胶囊等，具体的用药可以查阅药品说明书，必要的时候需要到医院就诊。
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