脑肠轴通俗的意义就是大脑和肠道之间有密切的联系，可以相互影响，比如在情绪紧张的时候往往有腹泻、腹痛、拉肚子反应。现在也有科学家发现便秘或者是肠道菌群的失调也会引起大脑神经介质的改变，甚至会引发痴呆的可能性，所以脑肠之间的相互影响叫做脑肠轴。目前有很多的研究报告，发现大脑和肠道有很多的神经细胞、神经介质相互是一致的，比如五羟色胺介质的传导是一致的，所以有相互的影响。
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