儿童扁桃体发炎，可以由不同的致病原感染导致，积极抗感染是治疗的根本。而针对不同的致病原，抗感染的药物选择不同。
比较常见的病毒感染，无特异性抗病毒药物，以对症治疗为主，例如发热较高时使用退热药处理，局部疼痛明显，使用碘甘油口腔护理或开喉剑喷剂局部抗炎抗菌处理。除病毒感染外，更常见的为细菌感染，需要使用抗生素，例如阿莫西林、头孢克洛等。当有支原体感染引起时，则需要使用红霉素或阿奇霉素类抗生素。
急性扁桃体炎时，可以联合使用中药清热解毒、抗炎消肿处理。需要特别提出，当扁桃体发炎是由A组链球菌感染导致时，即通常提到的急性化脓性扁桃体炎，会表现为发热比较顽固、病情比较严重，在治疗上抗生素更需要选择恰当，并保证足量、足疗程，以利于彻底清除感染灶，减少并发症的发生。
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