电子喉镜检查一般是不痛苦的，通常在检查前要进行鼻腔和咽喉的局部麻醉，即喷点麻药。这样在做的时候电子喉镜一般都比较细，从鼻腔开始检查一直到咽喉，通常是全程录像。
如果在特殊的部位还要拍照片，整个检查过程病人是会有感觉的，往往要配合医生，比如在检查喉的时候要进行发声，对于非常敏感的病人，一般会喷麻药，可能喷两次。
如果是一般情况，对咽喉不是很敏感的病人，通常喷一次麻药，特别是年纪大的人，比如有些八十多岁病人的检查，不喷麻药也是可以的。
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