睡醒觉后脑袋疼有多种原因，具体如下：
一、原发性头疼：如偏头疼、紧张性头疼、丛集性头疼，均可以出现醒后头疼的症状；
二、继发性头疼：
1、全身器质性疾病，如发烧醒后会出现头疼，高血压患者晨峰血压时也会引起头疼。
2、颅内脉器质性疾病，如颅脑出血、蛛网膜下腔出血、硬膜下血肿、头颅外伤，颅内炎症如脑炎、脑膜炎，或者颅内肿瘤、硬脑膜损伤，静脉窦的血栓形成等疾病，均可表现为睡醒后头疼。
任何头疼均需要排除继发性头疼，再考虑原发性头疼，并且根据病因给予止疼治疗。
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