脑炎治疗后一般要根据患者的影像学检查、腰穿及脑电图检查，如果各项指标均正常，基本上可以确定以后不会再发生其他的后遗症状。
对一部分当时就存在一些并发症的患者，比如认知功能障碍、癫痫发作，以及已经存在手脚运动障碍的患者，他们可能会存在并发症或者后遗症，需要通过积极的康复锻炼，同时保证营养、调整作息、改善免疫力，使后遗症状尽可能的减轻，而减少后遗症。还有一部分患者可能是迟发性的后遗症，主要是癫痫发作，可能要若干年以后才会出现，这种情况要定期随访，做脑电图来确定。
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